La morfopsicología no pretende detectar los secretos más íntimos de la vida de una persona. Afortunadamente existe en cada uno de nosotros un jardín secreto que no se puede pisar sin nuestro consentimiento. Cuanto más diferente es la persona observada del morfopsicólogo (por sexo, edad, origen étnica, carácter, tipo de experiencias, etc…), más difícil resulta para el morfopsicólogo su comprensión de la vida interior del sujeto estudiado.

La detección de algunas aptitudes escapan a la morfopsicología como la detección de aptitudes puramente intelectuales (que los tests saben evaluar mejor), el tipo de memoria privilegiada o los dones musicales.

Hay factores que influencian mucho la conducta de alguien sin que se vea reflejado claramente en el rostro: la educación recibida, experiencias impactantes, la influencia del entorno social y profesional, actitudes neuróticas (que son a veces reacciones opuestas a la línea general del carácter de la persona).

Cada vez que la conducta habitual de una persona resulta ser radicalmente opuesta al diagnóstico dado por un morfopsicólogo, suele haber 2 posibilidades: o la persona disimula sus debilidades (máscara que termina por caer y se confirma el análisis hecho) o una neurosis o tendencias naturales han sido reprimidas o deformadas. En ese último caso, lo importante es que una dificultad haya sido detectada y que la persona pueda identificar y aplicar el remedio más fácilmente.